Još od 13. stoljeća u raznim dokumentima, oporukama i statutima spominju se samostan i crkva sv. Franje u Krku. Samostan mnogo govori o tradiciji franjevačkog reda u Krku. Prema legendi zapisanoj 1500., sv. Franjo je zbog nevremena pristao u Krk i upoznao pustinjaka koji je prihvatio njegovo učenje, nakon čega je na Krku utemeljen i franjevački red.
Crkva sv. Franje jednobrodna je građevina s gotički nadsvođenom polukružnom apsidom. Orijentirana je tradicionalno u smjeru zapad-istok. S obzirom na to da su u sakristiji crkve pronađene freske iz ranijeg razdoblja, pretpostavlja se da je na tome mjesto postojala starija crkva te da je sadašnja crkva sv. Franje nastala njezinom pregradnjom. Na zidu crkve nalazi se reljef mletačkoga krilatog lava sa zatvorenom knjigom iz 13. stoljeća. Zatvorena knjiga pokazuje da je Venecija tada bila u ratu. Zvonik crkve dovršen je 1743. godine. Samostan je podignut sjeverno od današnje crkve. O njegovoj izgradnji nema puno podataka, ali se zna da je 1500. dalmatinski providur Sebastijan Justiniani dopustio otvaranje prozorskih otvora na dijelu uz gradske zidine. Godine 1625. izgrađena je cisterna s klaustrom, koja se napaja kišnicom.