Noch seit dem 13. Jahrhundert wurden das Kloster und die Kirche des Hl. Franziskus in Krk in verschiedenen Dokumenten, Testamenten und Statuten erwähnt. Das Kloster spricht viel über die Tradition des Franziskanerordens in Krk. Nach der Legende aus dem Jahr 1500 legte der Hl. Franziskus wegen stürmischem Wetter in Krk an und traf auf einen Einsiedler, der seine Lehre annahm, woraufhin der Franziskanerorden auf Krk gegründet wurde. Die Kirche des Hl. Franziskus ist ein einschiffiges Bauwerk mit einer gotisch überwölkten halbrunden Apsis. Sie ist traditionell in West-Ost-Richtung ausgerichtet. Da in der Sakristei der Kirche Fresken aus früheren Zeiten gefunden wurden, wird angenommen, dass sich dort eine ältere Kirche befand und dass die heutige Kirche des Hl. Franziskus durch ihren Umbau entstand. An der Wand der Kirche befindet sich das Relief des venezianischen geflügelten Löwen mit einem geschlossenen Buch aus dem 13. Jahrhundert. Das geschlossene Buch zeigt, dass Venedig damals im Krieg war. Der Glockenturm der Kirche wurde 1743 fertiggestellt. Das Kloster wurde nördlich der heutigen Kirche errichtet. Über seinen Bau gibt es nicht viele Informationen, aber es ist bekannt, dass 1500 der dalmatinische Provveditore Sebastian Justiniani die Öffnung der Fenster am Teil des Klosters an der Stadtmauer erlaubte. 1625 wurde eine Zisterne mit Kreuzgang errichtet, die mit Regenwasser gefüllt wurde.
Gegenüber der Franziskanerkirche, ebenfalls am Rande des heutigen Platzes der Glagolitermönche, stand einst ein Klarissenkloster. In den Aufzeichnungen wurde vermerkt, dass sich die Klarissen wegen ihrer strengen Klauseln während des Baus des franziskanischen Glockenturms beschwerten, weil man von ihm aus in ihren Garten sehen konnte.